kedua-dua pihak iaitu British dan Siam jelas mementingkan status dan keuntungan masing-masing dalam mewujudkan perjanjian ini. British dan Siam dalam menentukan sempadan baru ini hanya berdasarkan pentadbiran berbanding elemen penting seperti soal kebudayaan geografi etnik agama dan kriteria lain[19]. keengganan mereka ini menimbulkan masalah dan kesan berpanjangan kepada negeri-negeri Melayu bersekutu yang kini sebahagian dari Malaysia dan Wilayah Patani, Setul, Yala menjadi Wilayah Thailand.Melihat kepada Protokol Sempadan itu jelas bahawa perjanjian itu bukan sahaja memindahkan Kelantan, Terangganu, Kedah dan Perlis kepada pemerintahan British tetapi jugak membuat penyesuaian besar kepada sempadan negeri yang sedia ada ketika itu. Perjanjian ini telah mengubah keluasan tanah-tanah negeri terbabit. Dapat dikatakan juga bahawa tujuan perubahan itu dibuat adalah bagi maksud untuk memindahkan seluruh lembah sungai kepada negeri-negeri tertentu.Umpamanya, penjuru sungai Reman di bawah kawalan Siam yang terletak dalam lembah sungai Perak telah diserahkan kepada Perak. Walau bagaimanapun, pembuat sempadan gagal mengambilkira pertimbangan yang sama sehubung dengan negeri Kelantan-Patani sebaliknya Sungai Golok telah dijadikan sempadan antarabangsa. Kesannya Kelantan kehilangan wilayah tabal (sekarang dikenali Tak Bai) kerana wilayah ini telah ditukarkan dengan daerah Reman.Kesan seterusnya Negeri-Negeri Melayu Utara kehilangan beberapa Wilayah penting dan strategik seperti Kedah kehilangan Wilayah Sadaow, Setul, Pulau Terutau dan Pulau-Pulau sekitarnya. Perlis pula kehilangan wilayah Pujoh. Wilayah Pujoh terletak di sebelah utara Sungai Perlis adalah di bawah jagaan Penghulu mukim Kuala Perlis. Penghulu Kuala Perlis dan Pujoh terakhir ialah Penghulu Muhammad Said Bin Haji Awang yang turut ditugaskan bersama-sama Pegawai Suruhanjaya Sempadan yang dibentuk di bawah Artikel 3 Perjanjian Bangkok 1909.[20] Kelantan kehilangan wilayah Tabal. Oleh kerana Perjanjian ini dibuat tanpa pengetahuan Sultan Negeri- Negeri Melayu Utara, sudah tentulah menimbulkan rasa tidak puas hati di kalangan mereka. Semasa majlis penyerahan itu berlangsung, Sultan Abdul hamid membuat bantahan kepada Williamson wakil kerajaan Siam. Menurut baginda, sempadan baru antara Kedah dan Siam harus ditentukan mengikut kriteria sempadan yang sedia ada. Putera Damrong sebelum itu telah memberitahu baginda akan sempadan baru antara Kedah dan Siam seperti mana yang terdapat dalam protokol sempadan Perjanjian Bangkok 1909.[21] Baginda Sultan amat murka kepada Siam sehingga baginda pernah menyatakan tidak akan memaafkan pihak yang menjual negeri Kedah seperti menjual seekor kerbau.[22] Dalam surat baginda kepada Putera Damrong banginda menyataka kekecewaan kehilangan wilayah kedah tu.."There is one thing regarding which i ask for further consideration that is northern boundery. I ask be followed and that the farmer bondery be followed and that the Sadaow district and other district near Changloon an Terutau Islands remain in Kedah territory. If they are taken by Siam, kedah loses a large area of territory. Please instruct survey commisioner not to clear boundery lines until this matter is settle".[23]. Begitu juga reaksi Sultan Kelantan, Sultan Muhammad ke IV baginda kecewa dengan British menyerahkan Wilayah Tabal kepada Siam yang dihuni kira-kira 15,000 orang Melayu. Apabila Tabal berada di bawah Siam sebilangan penduduk di situ berhijrah ke Kelantan. Sementara itu, reaksi Sultan Terengganu turut terkejut dan berasa marah apabila mengetahui butir-butir perjanjian tersebut daripada August Katz yang melawat sultan bagi tujuan pelaburan di negeri baginda. Sultan memberi contoh tindakan Siam itu tidak ubah seperti "as if i were seize your watch and sell it to some other person.[24] Walau bagaimanapun, pihak Siam membalas hujah ketidakpuasan hati itu dengan mengatakan "Kedah hanya kehilangan wilayah, sedangkan Siam kehilangan sebahagian dari negerinya.[25]British telah memperkenalkan beberapa perkara baru yang berhubung dengan sempadan kepada pemerintah Melayu. Persempadanan cara barat bermula dengan perjanjian dan kemudiannya kepada penandaan sempadan. Sedangkan bagi pemerintah Melayu selama ini, persempadanan lebih kepada perakuan kawasan pengaruh kuasa semata-mata yang diumumkan secara lisan dan tidak sekali-kali dalam bentuk menandatangani dokumen. Dengan adanya garisan sempadan, masalah ketentuan hak yang memungkinkan berlakunya sebarang pertikaian tidak akan berlaku. Walau bagaimanapun, penandaan sempadan yang berakhir pada penghujung tahun 1913 itu tidak muktamad kerana masih banyak meninggalkan kesan sampingan kepada Kerajaan Thailand dan Malaysia setelah British kembali ke negara asal mereka.[26]